Door grond- en heiwerkzaamheden bij de bouw van de naastgelegen Janskliniek is aanzienlijke schade ontstaan aan de gevels. Na grondige inspectie zijn de werkzaamheden in twee fasen verdeeld.

In de eerste fase zijn de gevels constructief hersteld. In de tweede fase is de kerk van binnen heringericht. De zerkenvloer is verwijderd, daarna werd een betonvloer aanbracht waarna de zerkenvloer weer teruggeplaatst kon worden. De glas-in-lood ramen en brugstaven zijn vervangen. Het houten tonggewelf  in het plafond is gerestaureerd. Ten behoeve van het Noord-Hollands archief is 50% van de kerk ruimtelijk heringedeeld en is een lift geplaatst.

De restauratie had tot gevolg dat vele details die jarenlang aan het oog waren onttrokken door archiefvoorzieningen, opnieuw zichtbaar en toegankelijk zijn voor het publiek.